Nicht nur Merlin bevorzugt das MS Project XML-Format als Exportformat zu MS Project, sondern auch Microsoft selbst empfiehlt den Gebrauch dieses aktuellen Formats bei Projektdateien. Daher sollten immer wenn möglich Projekte zwischen Merlin und MS Project mit dem MS Project XML-Format ausgetauscht werden. Es gibt hierzu eine Faustregel, wann man das veraltete MPX-Format für den Export zu MS Project benutzen muss: Bei allen MS Project-Versionen die älter sind als MS Project 2000 ist dies der Fall.

Ein weiterer Vorteil für das Einlesen von XML-Dateien aus MS Project in Merlin ist die damit verbundene Übernahme von benutzerdefinierten Felder. Beim MPX-Format ist dies leider nicht möglich.